• facebook
  • linkedin
  • youtube

Aparició del SARS-CoV-2 B.1.1.7 Llinatge

Estats Units, 29 de desembre de 202012 de gener de 2021

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, PhD 1;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

El 15 de gener de 2021, aquest informe es va publicar com a MMWRPublicació anticipada al lloc web de MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

El 14 de desembre de 2020, el Regne Unit va informaruna variant de preocupació SARS-CoV-2 (VOC), llinatge B.1.1.7,també es coneix com a VOC 202012/01 o 20I/501Y.V1.* ElS'estima que la variant B.1.1.7 va sorgir al setembre2020 i s'ha convertit ràpidament en el circulant dominantVariant del SARS-CoV-2 a Anglaterra (1).B.1.1.7 ha estatdetectat en més de 30 països, inclosos els Estats Units.Comde 13 de gener de 2021, aproximadament 76 casos de B.1.1.7 tenens'ha detectat a 12 estats dels EUA.Múltiples línies d'evidènciaindiquen que B.1.1.7 es transmet de manera més eficient que no pasaltres variants del SARS-CoV-2 (13).La trajectòria modelada deaquesta variant als EUA presenta un creixement ràpid a principis del 2021,convertint-se en la variant predominant al març.AugmentatLa transmissió del SARS-CoV-2 pot amenaçar l'atenció sanitària tensarecursos, requereixen una implementació ampliada i més rigorosad'estratègies de salut pública (4), i augmentar el percentatge deimmunitat de la població necessària per al control de la pandèmia.Presales mesures per reduir la transmissió ara poden reduir el potencialimpacte de B.1.1.7 i permetre un temps crític per augmentar la vacunacobertura de ció.Col·lectivament, vigilància genòmica milloradacombinat amb el compliment continuat del públic efectiumesures sanitàries, com la vacunació, el distanciament físic,ús de mascaretes, higiene de mans i aïllament i quarantenaser essencial per limitar la propagació del SARS-CoV-2, el virusque causa la malaltia del coronavirus 2019 (COVID-19).Estratègicprova de persones sense símptomes però amb més riscinfecció, com les persones exposades al SARS-CoV-2 o que ho tenencontacte freqüent i inevitable amb el públic, proporciona un altreoportunitat de limitar la propagació en curs.

Vigilància genòmica global i shar ràpid de codi obertLa creació de seqüències del genoma viral ha facilitat gairebé en temps realdetecció, comparació i seguiment de l'evolució del SARS-CoV-2variants que poden informar els esforços de salut pública per controlar lapandèmia.Mentre que algunes mutacions en el genoma viralsorgeixen i després retrocedeixen, altres podrien conferir un avantatge selectiutage a la variant, inclosa la transmissibilitat millorada, de manera queaquesta variant pot dominar ràpidament altres variants circulants.

A principis de la pandèmia, variants de SARS-CoV-2 que contenenla mutació D614G a la proteïna spike (S) que augmental'avidesa d'unió al receptor es va convertir ràpidament en dominant en moltsregions geogràfiques (5,6).A finals de la tardor del 2020, diversos països van informar de la deteccióVariants del SARS-CoV-2 que s'estenen de manera més eficient.A mésa la variant B.1.1.7, les variants notables inclouen la B.1.351llinatge detectat per primera vegada a Sud-àfrica i recentment identificatB.1.1.28 subclade (anomenatP.1) detectat en quatre viatgersdel Brasil durant la projecció de rutina al Haneda (Tòquio)aeroport.§ Aquestes variants porten una constel·lació de muta genèticacions, inclòs en el domini d'unió al receptor de proteïna S,que és essencial per unir-se a la cèl·lula hoste angiotensina-receptor de l'enzim convertidor-2 (ACE-2) per facilitar el virusentrada.L'evidència suggereix que es troben altres mutacions en aquestsvariants podrien conferir no només una major transmissibilitat sinótambé pot afectar el rendiment d'alguns diagnòstics en temps realtranscripció inversareacció en cadena de la polimerasa (RT-PCR)assajosi reduir la susceptibilitat als anticossos neutralitzants(2,3,510).Un informe de cas recent va documentar el primer cas deReinfecció per SARS-CoV-2 al Brasil amb una variant de SARS-CoV-2que contenia la mutació E484K,** que s'ha demostratper reduir la neutralització per sèrums convalescents i monoclonalsanticossos (9,10).

Aquest informe se centra en l'aparició de la variant B.1.1.7en els Estats Units.A partir del 12 de gener de 2021, ni elB.1.351 ni les variants P.1 s'han detectat alEstats Units.Per obtenir informació sobre el SARS-CoV-2 emergentvariants de preocupació, CDC manté una pàgina web dedicada aproporcionar informació sobre variants emergents del SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 llinatge (20I/501Y.V1)

La variant B.1.1.7 porta una mutació a la proteïna S(N501Y) que afecta la conformació de la unió al receptordomini.Aquesta variant té 13 altres mutacions definidores de llinatge B.1.1.7 (taula), algunes de les quals es troben a la proteïna S,inclosa una supressió a les posicions 69 i 70 (del6970) aixòva evolucionar espontàniament en altres variants del SARS-CoV-2 i éshipòtesi per augmentar la transmissibilitat (2,7).La supressióa les posicions 69 i 70 provoca fallada de la diana del gen S (SGTF)en almenys una RT-PCRassaig de diagnòstic basat (és a dir, amb elAssaig ThermoFisher Taq Path COVID-19, el B.1.1.7 variformiga i altres variants amb el del6970 produeixen un negatiuresultat per a la diana del gen S i un resultat positiu per als altres dosobjectius);SGTF ha servit com a intermediari al Regne Unitper identificar els casos B.1.1.7 (1).Múltiples línies d'evidència indiquen que B.1.1.7 és méses transmet de manera eficient en comparació amb altres SARS-CoV-2variants que circulen al Regne Unit.regions del Regne Unit ambuna proporció més alta de seqüències B.1.1.7 va tenir una epidèmia més ràpidacreixement que altres àrees, els diagnòstics amb SGTF van augmentarmés ràpid que els diagnòstics no SGTF a les mateixes àrees, i auna proporció més alta de contactes va ser infectada per pacients índexamb infeccions B.1.1.7 que per pacients índex infectats ambaltres variants (1,3).La variant B.1.1.7 té el potencial d'augmentar la panoràmica dels EUAtrajectòria de la dèmica en els propers mesos.Per il·lustrar aquest efecte,es va desenvolupar un model compartimental senzill i de dues variants.La prevalença actual dels Estats Units de B.1.1.7 entre tots els circulantses desconeix el virus, però es creu que és <0,5% segons elnombre limitat de casos detectats i dades del SGTF (8).Perel model, les hipòtesis inicials incloïen una prevalença B.1.1.7del 0,5% entre totes les infeccions, immunitat contra el SARS-CoV-2infecció prèvia del 10%30%, una reproducció variable en el tempsnombre (R t ) d'1,1 (transmissió mitigada però creixent)o 0,9 (disminució de la transmissió) per a les variants actuals, i es registra una incidència de 60 casos per 100.000 persones per dia el1 de gener de 2021. Aquests supòsits no representen amb precisióqualsevol ubicació dels Estats Units, sinó que indiquen una generalitzaciócondicions comunes a tot el país.El canvi en R t sobretemps resultant de la immunitat adquirida i l'augment de la prevalençaes va modelar la lència de B.1.1.7, assumint la B.1.1.7 R tque sigui una constant 1,5 vegades la R t de les variants actuals, basant-se enestimacions inicials del Regne Unit (1,3).A continuació, es va modelar l'impacte potencial de la vacunaciósuposant que es van administrar 1 milió de dosis de vacuna perdia que comença l'1 de gener de 2021 i aquesta immunitat del 95%.es va aconseguir 14 dies després de rebre 2 dosis.Concretament,immunitat contra la infecció amb variants actuals o laEs va suposar la variant B.1.1.7, encara que l'eficàcia ila durada de la protecció contra la infecció segueix sent incerta,perquè aquests no eren l'objectiu principal dels assaigs clínicsper a les vacunes inicials.En aquest model, la prevalença de B.1.1.7 és inicialment baixa, però perquèés més transmissible que les variants actuals, exhibeixcreixement ràpid a principis de 2021, convertint-se en la variant predominantformiga al març (figura 1).Ja sigui transmissió de correntvariants augmenta (R t inicial = 1,1) o disminueix lentament(R t inicial = 0,9) al gener, B.1.1.7 provoca un canvi substancialen la trajectòria de transmissió i una nova fase d'exponencialcreixement.Amb la vacunació que protegeix contra la infecció, elles primeres trajectòries epidèmiques no canvien i B.1.1.7 s'estenenencara es produeix (figura 2).Tanmateix, després de B.1.1.7 es converteix en elvariant dominant, la seva transmissió es va reduir substancialment.L'efecte de la vacunació en la reducció de la transmissió properaEl termini va ser més gran en l'escenari en què es trobava la transmissiója decreixent (R t inicial = 0,9) (figura 2).Els primers esforços quepot limitar la propagació de la variant B.1.1.7, com ara universal iun major compliment de les estratègies de mitigació de la salut pública,permetrà més temps perquè la vacunació en curs assoleixi mésimmunitat a nivell de població.

Discussió

Actualment, no hi ha diferències conegudes en els resultats clínicsassociat a les variants SARS-CoV-2 descrites;malgrat això,una taxa de transmissió més alta donarà lloc a més casos, augmentantel nombre de persones en general que necessiten atenció clínica, exacerreduint la càrrega d'un sistema sanitari ja tens,i provocant més morts.Vigilància genòmica continuadaidentificar casos B.1.1.7, així com l'aparició d'altresvariants de preocupació als Estats Units, és important per alResposta de salut pública COVID-19.Mentre que el SGTF resultapot ajudar a identificar casos potencials de B.1.1.7 que es poden confirmarmitjançant la seqüenciació, identificant variants prioritàries que no presentenSGTF es basa exclusivament en la vigilància basada en seqüències.

 

 

 

Denominació variant

Primera identificació  

Mutacions característiques

(proteïna: mutació)

Nombre de casos actuals confirmats per seqüència No. de

països amb

seqüències

Ubicació Data Estats Units A tot el món  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Regne Unit Setembre 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Sud-Àfrica Octubre 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasil i Japó Gener 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Abreviatures: del = supressió;E = proteïna de l'embolcall;N = proteïna nucleocàpsida;ORF = marc de lectura obert;S = proteïna espiga.

L'experiència al Regne Unit i els models B.1.1.7presentat en aquest informe il·lustren l'impacte d'una manera més contagiosavariant que pot tenir sobre el nombre de casos en una població.Ell'augment de la transmissibilitat d'aquesta variant requereix encara mésimplementació combinada rigorosa de vacunació i mitigaciómesures de prevenció (p. ex., distanciament, emmascarament i higiene de mans)per controlar la propagació del SARS-CoV-2.Aquestes mesures seranmés efectius si s'institueixen més aviat que tardper frenar la propagació inicial de la variant B.1.1.7.Esforços perpreparar el sistema sanitari per a noves pujades en els casosjustificat.L'augment de la transmissibilitat també significa que és més grans'ha d'aconseguir la cobertura de vacunació previstaaconseguir el mateix nivell de control de malalties per protegir el públicen comparació amb variants menys transmissibles.En col·laboració amb l'àmbit acadèmic, industrial, estatal, territorial,socis tribals i locals, CDC i altres agències federalsestan coordinant i millorant la vigilància genòmica iesforços de caracterització de virus als Estats Units.CDCcoordina els esforços de seqüenciació dels EUA mitjançant el SARS-CoV-2Seqüenciació per a la resposta a emergències de salut pública,Epidemiologia i vigilància (ESFERES)§§consorci,que inclou aproximadament 170 institucions participants i promou l'intercanvi obert de dades per facilitar l'ús del SARS-CoV-2dades de la seqüència.Per fer un seguiment de l'evolució viral SARS-CoV-2, CDC ho ésimplementar una vigilància genòmica multifacètica per comprendreels processos epidemiològics, immunològics i evolutiusque configuren les filogènies virals (filodinàmica);guia de l'esclatinvestigacions;i facilitar la detecció i caracteritzacióció de possibles reinfeccions, casos d'avanç de vacunes ivariants virals emergents.El novembre de 2020, es va establir CDCel programa nacional de vigilància de la soca SARS-CoV-2 (NS3).per millorar la representativitat del SARS-CoV-2 nacionalseqüències.El programa col·labora amb 64 ​​públics nord-americanslaboratoris sanitaris per donar suport a un sistema de vigilància genòmica;NS3 també està construint una col·lecció d'espècimens de SARS-CoV-2 and seqüències per donar suport a la resposta de salut pública i científicainvestigació per avaluar l'impacte de mutacions relacionades sobrecontramesures mèdiques recomanades existents.CDC tétambé contractat amb diversos grans labora clínics comercialstoris per seqüenciar ràpidament desenes de milers de SARS-CoV-2exemplars positius cada mes i ha finançat set acadèmicsinstitucions per dur a terme la vigilància genòmica en col·laboracióamb les agències de salut pública, augmentant així substancialmentla disponibilitat de dades oportunes de vigilància genòmica a tot arreuels Estats Units.A més d'aquestes iniciatives nacionals,moltes agències de salut pública estatals i locals estan seqüenciant

FIGURA 1. Trajectòries d'incidència de casos simulades* de les variants actuals del SARS-CoV-2 i la variant B.1.1.7,assumint cap vacunació comunitàriai R t inicial = 1,1 (A) o R t inicial = 0,9 (B) per a les variants actualsEstats Units, generAbril 2021

 

figura 1
figura 2
abreviatures
figura 1

SARS-CoV-2 per entendre millor l'epidemiologia local idonar suport a la resposta de la salut pública a la pandèmia.Les conclusions d'aquest informe estan subjectes a almenys tres límitstacions.En primer lloc, la magnitud de l'augment de transmissibilitat als Estats Units en comparació amb la observada alEl Regne Unit encara no està clar.En segon lloc, la prevalença deB.1.1.7 als Estats Units també es desconeix en aquest moment, peròmillorarà la detecció de variants i l'estimació de la prevalençaamb els esforços de vigilància millorats dels Estats Units.Finalment, mitiga localLes mesures de ció també són molt variables, la qual cosa comporta variacionsRt.Els resultats específics que es presenten aquí es basen en simulacionsi no va suposar cap canvi en les mitigacions més enllà de l'1 de gener.L'augment de la transmissibilitat de la guerra de variants B.1.1.7demana una implementació rigorosa de les estratègies de salut públicareduir la transmissió i disminuir l'impacte potencial de B.1.1.7,comprar temps crític per augmentar la cobertura de vacunació.CDC'Sles dades de modelització mostren que l'ús universal i l'augment de compliL'aplicació de mesures de mitigació i la vacunació són crucialsreduir substancialment el nombre de nous casos i mortsels propers mesos.A més, proves estratègiques de persones sensesímptomes de la COVID-19, però que tenen un major riscla infecció per SARS-CoV-2, ofereix una altra oportunitatlimitar la propagació en curs.Col·lectivament, vigilància genòmica milloradacombinat amb un major compliment de la salut públicaestratègies de mitigació, inclosa la vacunació, la distància físicaús de mascaretes, higiene de mans i aïllament i quarantena,serà essencial per limitar la propagació del SARS-CoV-2 iprotecció de la salut pública.

Agraïments

Membres de la Seqüenciació d'Emergències de Salut PúblicaConsorci de Resposta, Epidemiologia i Vigilància;estatal i locallaboratoris de salut pública;Associació de Laboratoris de Salut Pública;Equip de resposta a la COVID-19 del CDC;Branca de Virus Respiratoris,Divisió de Malalties Virals, CDC. Formulari del Comitè d'Editors de Revistes Mèdiques per a la divulgació de potencialsconflictes d'interès.No es van revelar possibles conflictes d'interessos.

Referències

1. Salut pública Anglaterra.Investigació de la nova variant SARS-CoV-2: variant of concern 202012/01, sessió informativa tècnica 3. Londres, Regne Unit: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Aparició i transmissió recurrents d'una supressió d'espiga SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint publicat en línia el 14 de gener de 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Transmissió del llinatge SARS-CoV-2 B.1.1.7 a Anglaterra: coneixements de la vinculació de dades epidemiològiques i genètiques.medRxiv [Preprint publicat en línia el 4 de gener de 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Equip de resposta a la COVID-19 del CDC.Resum d'orientació per a estratègies de salut pública per abordar els alts nivells de transmissió comunitària de SARS-CoV-2 i morts relacionades, desembre de 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmw9e.2mm
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Consorci COG-UK.Avaluació dels efectes de la mutació d'espiga SARS-CoV-2 D614G sobre la transmissibilitat i la patogenicitat.Cel·la 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Seguiment dels canvis en el pic SARS-CoV-2: evidència que D614G augmenta la infectivitat del virus COVID-19.Cèl·lula
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Les supressions naturals de la glicoproteïna d'espiga SARS-CoV-2 condueixen a la fugida d'anticossos.bioRxiv [Preprint publicat en línia el 19 de novembre de 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S patrons d'abandonament del gen en proves SARS-CoV-2 suggereixen la propagació de la mutació H69del/V70del als EUA.medRxiv [Preprint publicat en línia el 30 de desembre de 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Escapar dels anticossos neutralitzants per variants de proteïna espiga SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Mapatge complet de mutacions al domini d'unió al receptor SARS-CoV-2 que afecten el reconeixement per anticossos de sèrum humà policlonal.bioRxiv [Preprint publicat en línia el 4 de gener de 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Hora de publicació: 11-feb-2021